Les maladies respiratoires équines, regroupées sous le nom de syndrome respiratoire aigu, peuvent causer un ensemble complexe et peu spécifique de signes cliniques tels qu’une hyperthermie, un jetage séreux, ou une inflammation des voies respiratoires supérieures. L'herpès virus équin 1 (EHV-1) fait partie de la famille des Herpesviridae et cause la Rhinopneumonie équine, incluant l’herpès virus 4. La maladie peut se présenter sous forme respiratoire (jetage, toux…), sous forme abortive (ataxie, troubles de la locomotion, fièvre, incontinence) ou sous forme neurologique (parésie, incoordination motrice, paralysie) pouvant entrainer la mort de l’animal. Le virus peut aussi causer une infection latente, pendant laquelle le cheval ne présente pas de signes cliques. Cette pathologie étant transmissible entre chevaux, l’isolement et l’identification des animaux malades sont primordiaux pour limiter la propagation de la maladie dans une structure équestre. L'herpès virus équin 4 (EHV-4) fait partie de la famille des Herpesviridae et cause la Rhinopneumonie équine, incluant l’herpès virus 1. Les chevaux qui sont infectés et présentent des signes cliniques voient la sévérité de leur pathologie influencée par leur âge, leur condition physique, le type d’infection (primaire, secondaire, ou liée à la réactivation d’un virus latent), l’état de leur système immunitaire, et la virulence de la souche. La dissémination du virus entre chevaux est rapide et se fait par inhalation nasale ou par contact direct. Le virus de la grippe équine est un virus de la famille des Orthomyxoviridae et du genre Influenza de type A. La maladie a une période d’incubation courte (2 à 5 jours) et peut atteindre en quelques heures la plupart de l’effectif d’une écurie. Les signes cliniques les plus courants sont un forte fièvre, un abattement, une anorexie, un écoulement nasal séreux et une toux (occasionnelle à quinteuse) pouvant être douloureuse. Chez les chevaux adultes, la mortalité est très faible ; quand elle survient, elle est le plus souvent due à des surinfections bactériennes. Les jeunes poulains peuvent, quant à eux, mourir de complications de pneumonie. La gourme est une maladie spécifique des équidés, provoquée principalement par la bactérie Streptococcus equi subspecies equi faisant partie de la famille des Streptococcaceae. En fonction de l‘état immunitaire du cheval infecté mais également de la gestion médicale et sanitaire de la maladie cette dernière peut se trouver sous différentes formes :

• Forme classique ou « catarrhale » : Hyperthermie, abattement, muqueuses congestionnées, jetage nasal séreux puis mucopurulent, et gonflement des nœuds lymphatiques rétropharyngiens.
• Forme chronique ou compliquée : Formation de chondroïdes dans les poches gutturales, persistance de ces chondroïdes pendant plusieurs années entraînant l’apparition de porteurs asymptomatiques, et rupture possible du ganglion rétropharyngien.
• Forme métastasique : Forme rare qui survient en même temps ou après une forme classique consistant en l’apparition d’abcès métastasiques (causant perte de poids, coliques, troubles neurologiques et détresse respiratoire) avec de possibles complications septicémiques. Cette forme de la pathologie peut présenter une mortalité de plus de 60%.
• Forme à médiation immune : Complication rare de la gourme qui provoque un purpura hémorragique (œdème sous-cutané, pétéchies, ecchymoses sur les muqueuses…).